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Les sols jouent notamment un rôle primordial de filtre épurateur des éléments polluants et de réservoir d'eau. En raison des méthodes culturales intensives, les taux de matière organique des sols agricoles ont significativement baissé au cours des dernières décennies. C'est le cas de la Beauce, de la Brie, de l'Aquitaine ou du Roussillon.

L'érosion touche également les grandes cultures au Nord Ouest et à l'Est du Bassin Parisien ainsi que la vallée du Rhône et le Sud Ouest. La présence de métaux lourds, héritage des pollutions générées par les activités industrielles minières, urbaines ou automobiles, requiert une attention toute particulière d'autant que l'épandage des boues de stations d'épuration devrait croître dans les années à venir : 60 % des boues d'épuration, c'est à dire 510 000 tonnes sur 850 000 tonnes/an font l'objet d'un épandage en agriculture, ce qui place la France au dessus de la moyenne européenne (40 %).

Plus généralement, l'accumulation dans les sols des pesticides, de substances chimiques telles la dioxine et leur devenir à long terme, est un sujet de préoccupation pour les années à venir.

Rapport de l'IFEN 199'