
En dépit des investissements réalisés depuis une vingtaine d'années, l'état des ressources en eau dans la Communauté, globalement, ne s'est pas amélioré. La situation est contrastée selon les régions et les paramètres, mais les cas de dégradation de la qualité sont plus nombreux que les cas d'amélioration. La pollution des nappes phréatiques en particulier est générale. Dans de nombreuses régions, une utilisation soutenable des eaux souterraines comme eau potable est ou sera un problème.
L'utilisation de la ressource en eau a depuis toujours été problématique dans les régions méditerranéennes, mais elle l'est aujourd'hui devenue également dans beaucoup de régions tempérées. La proportion des zones côtières et estuaires eutrophisés et pollués a augmenté au cours des dernières années. Cette tendance se poursuivant, l'acidification des eaux intérieures s'accroît.
Des polluants, moins mesurés jusqu'à présent, risquent de prochainement manifester leurs effets. C'est le cas notamment des pesticides, et plus généralement des micro polluants.
Compte tenu de la tendance actuelle l'accroissement de la demande, l'épuisement prévisible des ressources en eau douce de certaines régions risque s'il n'est correctement géré de poser un problème majeur à l'avenir (notamment dans les pays méditerranéens), qui ne pourra qu'accroître les tensions entre utilisateurs. Pour éviter que cette ressource ne devienne un facteur limitant du développement des régions aux besoins importants, une gestion appropriée des ressources disponibles, une planification des usages est nécessaire. Sur le plan qualitatif, une action vigoureuse doit être menée pour enrayer la dégradation de la qualité des eaux afin d'une part de consolider les investissements réalisés jusqu'à présent sur les grandes sources ponctuelles (entreprises, municipalités), et d'autre part de réduire les émissions des sources diffuses (agriculture principalement, et PME).
A la fois ressource économique, milieu de vie, composante majeure des organismes vivants et des écosystèmes, l'eau est un élément aux fonctions multiples, et parfois concurrentes, soulevant des problèmes de gestion de plus en plus aigus.
Traditionnellement on distingue Les eaux intérieures (lesquelles se subdivisent elles mêmes en eaux de surface et eaux souterraines) des eaux marines car il s'agit de deux types de milieux différents, mais sur lesquels les effets des activités humaines entraînent de graves perturbations. D'ailleurs, l'impact des sociétés humaines est tel qu'en pratique il n'y a plus en Europe d'eaux naturelles qui seraient entièrement protégées de l'influence de nos activités.
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