Ce milieu, que l'on croyait il n'y a encore pas si
longtemps à l'abri des pressions humaines, est à son tour victime d'une
pollution croissante. Beaucoup plus lentes à se renouveler que les eaux
superficielles, les nappes souterraines une
fois contaminées peuvent mettre des décennies avant de retrouver leur
qualité originelle, lorsque les dommages causés ne sont pas tout bonnement
irréversibles. La connaissance des mécanismes de cette pollution, où la variable
temps semble cruciale (le décalage temporel entre l'effet et les causes pouvant
aller jusqu'à plusieurs décennies) est encore pour le moment embryonnaire. Alors
que les activités domestiques et industrielles ainsi que les accidents sont les
principaux responsables des pollutions ponctuelles et de la pollution des cours
d'eau, en revanche c'est l'agriculture qui est à l'origine des pollutions
diffuses, lesquelles affectent le plus les nappes souterraines. Les polluants en
jeu les plus connus sont les nitrates et les pesticides.
Les nitrates proviennent des fertilisants chimiques azotés dont la consommation se stabilise ces dernières années et auxquels viennent s'ajouter les épandages de déjections animales, surtout problématiques dans le secteur porcin en raison de l'augmentation du cheptel et surtout de sa densification : entre l955 et l980 la quantité moyenne d'azote provenant des déjections s'est élevée de 65 kg/ha à 85 kg/ha. De même, les exploitations comprenant plus de 400 porcs sont passées entre 1981 et 1987 de 2 % du nombre total d'installations (47 % du cheptel) à 5 % (63 % du cheptel).
De ce fait, on enregistre une augmentation des teneurs en nitrates des eaux souterraines dans pratiquement tous les Etats membres. En France, les teneurs augmentent de 1 à 4 mg/I/an et 800. 000 personnes sont alimentées par une eau dépassant la valeur limite communautaire de 50 mg/l. Au Royaume Uni, la situation est également préoccupante dans l'East Anglia, le Severn.
Au total, 850. 000 personnes sont alimentées avec une eau dépassant les 50
mg/l. En Allemagne, de 0, 3 8 % des points de prélèvement des eaux dépassent,
suivant les Lander, cette valeur et 2, 5 millions d'habitants reçoivent une eau
ne respectant pas la norme communautaire. En Catalogne, 20 % des stations de
pompage dépassent les 50 mg/l, alors que dans la région de Barcelone des puits
ont été fermés parce que les concentrations y atteignaient parfois 500 mg/l. Au
Danemark, le niveau moyen de nitrates des eaux a triplé en l'espace de trente
ans. Aux Pays Bas où le problème de surplus de lisier est crucial, 200. 000
personnes vivant dans la partie orientale du pays sont alimentées par des puits
privés pouvant dépasser cette limite. En Italie, les mesures dépassent parfois
100 mg/l dans les Marches. En Belgique, la région au sud de Bruxelles est la
plus touchée.
Enfin au Luxembourg, 1800 personnes sont exposées à des
dépassements de la norme européenne.
Comme pour les nitrates, la pollution des nappes par les pesticides a le plus souvent une origine diffuse agricole. Actuellement chaque pays a ses propres normes réglementant l'usage des produits phytosanitaires et, de plus, il n'existe pas d'inventaire complet du degré de pollution des eaux souterraines à l'échelle européenne. C'est pourquoi les comparaisons sont difficiles. Les substances que l'on retrouve le plus souvent sont des herbicides comme l'atrazine et la simazine.
Enfin d'autres polluants peuvent atteindre les eaux souterraines. Les exemples ne manquent pas de nappes polluées, ici, par des chlorures, comme dans le Kent ou l'Alsace, là par des métaux lourds (mercure, cadmium...), ou là encore par des hydrocarbures. Il s'agit en général de pollutions générées par une activité industrielle clairement identifiable.
